Os Tribunais de Contas trabalham por iniciativa própria e por solicitação (quando alguém faz uma denúncia). Eles exercem três tipos de função: administrativa, auxiliar do Legislativo e judicante.
1. Função administrativa:
Quando um servidor público é admitido ou demitido, isso precisa ficar registrado no Tribunal de Contas. Se o Tribunal verifica alguma irregularidade aparente na admissão e não faz o registro, a pessoa perde o emprego ou, no minimo, tem problemas na hora da aposentadoria.
2. Função de auxiliar do legislativo
O Poder Legislativo é representado pelos vereadores, na esfera municipal, pelos deputados estaduais, na estadual e pelos deputados federais e senadores, na federal. O Tribunal de Contas auxilia no trabalho desses políticos das seguintes formas:
a) Nas auditorias: O legislativo pode pedir ao Tribunal de Contas informações sobre as auditorias (investigações) que estejam ocorrendo e também solicitar novas auditorias. Muitos vereadores e deputados não sabem disso. Assim, não usam.esse instrumento, que poderia fornecer dados importantes para as comissões de fiscalização que eles realizam.
b) Na elaboração de pareceres prévios sobre as contas do Executivo: O presidente, governador e prefeito precisam prestar contas anualmente sobre a arrecadação e os gastos do ano anterior. O Tribunal de Contas analisa a prestação e emite uma opinião dizendo se ela está regular ou não. Esse julgamento técnico se chama parecer prévio. O parecer prévio é mandado ao Legislativo, que o usa como base para decidir se aprova ou não as contas do Executivo. E o Legislativo quem deve tomar a decisão final. O problema é que há casos em que o parecer prévio é um trabalho perdido, porque só fica pronto quando o administrador já saiu do cargo ou porque o Legislativo simplesmente não o analisa.
3. Função judicante
A principal função do Tribunal de Contas é realizar auditorias para analisar a fundo as contas públicas que se suspeita que sejam irregulares. Se a irregularidade for comprovada, o Tribunal de Contas pode punir o administrador ou servidor público que a cometeu.
a) As decisões são administrativas. O resultado das auditorias demora porque o Tribunal de Contas segue o modelo de trabalho do judiciário. Há prazos para o administrador ou servidor público fazer sua autodefesa e para recorrer da decisão. Acontece que, apesar desses procedimentos, o Tribunal de Contas não faz parte do Poder Judiciário. Ele tem o poder de punir a pessoa que cometeu a irregularidade, mas sua decisão final é chamada de administrativa e pode ser questionada na Justiça comum.
b) Auditoria das contas públicas. Quando o Tribunal de Contas julga as contas anuais do Executivo, ele realiza um trabalho mais formal que investigativo. São muitas contas para verificar e o Tribunal não analisa se os documentos apresentados são verdadeiros. Ele não sabe, por exemplo, se as notas fiscais foram emitidas por empresas fantasmas.Assim, o que acontece é que muitas vezes o Tribunal de Contas não encontra nenhuma irregularidade aparente nos cálculos e acaba considerando regular contas de administradores corruptos.Para que o Tribunal de Contas analise com maior profundidade algumas contas públicas, ou seja, faça uma auditoria, a sociedade civil pode lhe apresentar uma denúncia.
c) : Formas de responsabilizar o Administrador: O Tribunal de Contas pode aplicar multas ao administrador que cometeu alguma irregularidade nas contas públicas. Se ele não pagar, seu nome é mandado ao Tribunal Regional Eleitoral, para que seja impedido de concorrer nas próximas eleições. Infelizmente, as decisões do Tribunal de Contas nem sempre são cumpridas. Ele aplica as multas, mas quem cobra é um órgão do Executivo, como a Advocacia Geral da União. Esse órgão muitas vezes é negligente e às multas não são pagas.No caso da lista de políticos inelegíveis, os Tribunais Regionais Eleitorais nem sempre a validam..