O Ministério Público pode utilizar dois instrumentos de ação: a ação civil pública e a ação de improbidade.
A ação civil pública é a forma do Ministério Público propor uma ação contra àqueles que causam danos ao meio ambiente, ao consumidor, a bens e direitos de valor estético, histórico, turístico e paisagístico, patrimônio público e qualquer outro interesse difuso ou coletivo e ainda por infração da ordem econômica e da economia popular.
A Constituição Federal estabelece ser função do Ministério Público promover o inquérito civil público e a ação civil pública para a proteção do patrimônio público e social, do meio ambiente e de outros interesses difusos e coletivos, bem como outras funções, que forem conferidas por outras leis.
Por exemplo, se o Conselho de Saúde souber que o hospital público da cidade está cobrando "por fora" um serviço que era para ser gratuito, ou ainda se o Conselho de Assistência Social descobrir que uma entidade assistencial está recebendo recursos, mas não aplica estes recursos como deveria, eles podem acionar o Ministério Público, caso as prefeituras não queiram tomar nenhuma providência.
A ação civil pública também pode ser proposta por uma associação, que esteja constituída há pelo menos um ano (requisito que em alguns casos poderá ser dispensado) e inclua entre suas finalidades a defesa dos interesses e direitos sociais acima mencionados.
O inquérito civil público pode ou não ocorrer antes da ação civil pública, e só pode ser instaurado pelo Ministério Público como instrumento de investigação, para verificar se determinado direito foi violado ou não.
Ação de improbidade: Improbidade é algo feito de forma desonesta. Há uma lei, de 1992 (Lei n.. 8.429/92), que visa punir os administradores dos patrimônios e dos bens públicos quando cometem atos que prejudicam a receita do município ou quando enriquecem burlando as leis. O mau uso de verbas públicas pode caracterizar ato de improbidade.
Por exemplo, se os Conselhos apurarem que uma prefeitura ou um governo de estado estão desviando recursos, podem e devem recorrer ao Ministério Público. A ação de Improbidade não pode ser movida por associações e, portanto, as denúncias precisam ser encaminhadas ao Ministério Público ou aos próprios órgãos de fiscalização e controle da Administração, dependendo da área de atuação do Conselho, como o Ministério da Educação, o SUS etc.
