Há 31 anos, com forte desejo da população e com grande influência da usina Santa Luiza, Motuca emancipou-se de Araraquara e tornou-se município. Em 9 de janeiro de 1990 a Assembleia Legislativa do Estado de São Paulo votou favoravelmente à reivindicação de 1.121 moradores, que em 5 de novembro de 1989 , por meio de plebiscito, votaram “sim” pela emancipação, contra apenas 30, que votaram “não”, de acordo com o livro “Sertanejos, estrangeiros, forasteiros. Dos primeiros boiadeiros à emancipação política de Motuca”, da jornalista Gabriela Marques.
A promulgação da Constituição Brasileira em 1988, elaborada no período de transição do governo militar para a democracia, promoveu a descentralização federativa e proporcionou maior autonomia aos estados, que passaram a elaborar suas próprias leis para a criação de novos municípios.
Diante disso, a Constituição foi um fator decisivo para a efetivação da proposta de emancipação construída pelo Grupo Comunitário de Trabalho, formado por funcionários da usina Santa Luiza e moradores de Motuca.
Mas a história de Motuca começou há mais de 100 anos. Um pequeno povoado já existia na sesmaria do Simão, de propriedade pertencente à fazendeira Hermínia Vieira Borba Moura, pertencente à família do bandeirante paulista Borba Gato, quando a Companhia Paulista decidiu construir um ramal férreo e uma estação de trem, inaugurada em 1º de fevereiro de 1893.
A partir daí, iniciou-se um desenvolvimento gradativo da localidade. No decorrer dos anos, Motuca foi destino de muitos imigrantes, atraídos por suas terras férteis, como italianos e portugueses, que viriam a se tornar os principais donos de terras, além dos japoneses, que em 1915 fundaram a primeira colônia particular do Brasil, denominada Núcleo Colonial Tokyo, que permaneceu ativa até 1968, quando foi extinta em decorrência, entre outros motivos, por surto de doenças como a malária e o esgotamento natural das terras.
Em 1985, a cidade cresceu em termos populacionais com a criação de Assentamentos Rurais voltados à reforma agrária na Fazenda Monte Alegre. Os moradores de Motuca também foram formados por nordestinos e mineiros, atraídos pelo trabalho na usina Santa Luiza.